与其说是区别，不如说是各地的现状，因为本身普通话的差别并不是很大。
汉字的读音大体一致，语流、轻重音关系和 sh、s 等音的发音略有区别，但是两岸人民在沟通上的问题绝对比普通话和粤语的沟通问题小得多吧（笑）。
台湾地区因为译制片配音起步比较早。
而大陆早期的动画译制配音也受到当时影视译制片“全完模仿外国人说话神态”的影响，造成早期译制片语气夸张、音调极高的情况，现在的配音要回归自然，总会被人多人说“没感情”，要不就是“念课文”，这大概算是一定程度上走了弯路吧。
所以第一个原因，总结为“风格问题”吧，大陆旧时配音没有参考，不考虑实际语言差距，硬生生模仿国外的语言风格。
造成配音效果不伦不类，而台湾在这方面就要好很多，虽然调值比日版要稍低一些，但情绪表达到位。不过这又牵扯到最初提到的“语言的细微差别”。
台湾普通话相较于北方普通话偏软偏柔，只要是非“铁汉”型的角色，表演起来都会比较占优势，但北方普通话则相对“较硬”，配软萌妹子或帅气型、温柔型的汉子就没便宜可占。
而旧时台湾比大陆更早接触国外的一些新思想和新文化，在人的语言气质和心理状态方面与当时大陆闭塞的环境有比较大的差别，而这种差别，多少会体现在配音上。所以第二个原因总结为“语言和环境差别”。
台湾的系统配音培训，比大陆起步要早一些，如台北配音工会和华视的训练班等，所以从专业性和入行的难易度方面要比大陆有优势。新人有渠道进入行业并得到锻炼，这个行业才可以良性发展。
而新人的出现，也给“老人儿”们带来“如果不思进取总有一天会被取代”这样的压力吧？所以台湾那时候的配音行业算是蒸蒸日上吧。第三个原因不知可否称为“行业的规范化”呢？
综上所述，旧时的台湾配音，可以说是碾压了大陆，所以即使是大不部分观众“没有什么亲切感”的台湾腔，也会获得“好听”的评价。
但近年来，由于台湾的配音市场和预算一直没什么增长，新人参与的作品数量也在不断增加，导致了各种问题，已经没办法跟当年相提并论，大家对台湾配音的印象也今非昔比。
在说到电影配音，其实国内译制电影的质量并不会比动画或电视剧效果好太多。只是因为配音员们为真人配音的经验要远多于动画，再加上很多配音员认为“影视剧”才是有深度的东西，而“动画片”只是录着玩玩，造成态度上会有所差别，录制出的东西自然会不一样。关于这一条可以参考我关于影视剧配音的回答。（如何看待多部热播剧都是同样的配音演员来配音？ - 知乎）
关于问题的引申：中国几乎没有“专门”为动画配音的配音员，很多人从业人员，不管是游戏广告影视剧都会有所涉猎，只不过偏重不同罢了。
有的时候评价一个公司或一个行业的水平，通常要看它的下线在哪里，而不是看上线，中国优秀的配音员不少，但跟日本声优行业这种成熟的体系，数量和比例还是相差甚远。日本声优的门槛很高，而国内只要会说话，都敢说自己是“声优”。
中国配音圈不缺人，新人要多少有多少，缺的是人才和发现人才并引导人才的伯乐。
